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  1. Stage Risk Assessment modelling and Knowledge Integration Platform: Implémentation de modèles

    Stage. Val de Marne. Publié le 11/01/2018.

    Employeur

    L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.

    L’Anses informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d'expertise. L'Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.

    Le stage s'effectue dans le cadre de la collaboration des unités "Salmonella, E. coli, Listeria" (USEL) du Laboratoire de sécurité des aliments (LSAL) et "Evaluation des risques liés aux aliments" (UERALIM) de la Direction de l’évaluation des risques (DER). Le laboratoire de sécurité des aliments intervient sur les dangers biologiques et chimiques qui peuvent affecter la sécurité sanitaire et la qualité des aliments. Il participe dans son domaine de compétence, à l’accomplissement des missions de référence, de recherche et de surveillance de l’Anses. Le LSAL apporte à la décision publique une expertise scientifique à la fois généraliste sur la qualité et la sécurité sanitaire des denrées alimentaires, mais aussi plus spécifique sur certaines filières de transformation. Le laboratoire concentre ses travaux sur les dangers biologiques (bactéries, virus, parasites) et chimiques (toxines, métaux, pesticides, polluants organiques, histamine) présents ou susceptibles d’être présents dans les aliments, et tout particulièrement au stade de leur distribution et de leur consommation. L’Unité Salmonella, E. coli, Listeria du Laboratoire de Sécurité des Aliments de l’Anses figure parmi les unités supports pour les activités de Laboratoire de référence de l’Union Européenne (LRUE) et Laboratoire National de Référence (LNR). La Direction de l’évaluation des risques (DER) assure l’ensemble des missions d’évaluation dans le domaine des bénéfices et des risques nutritionnels et sanitaires liés à l’alimentation, des risques liés à la santé-environnement, des risques liés à la santé au travail, des risques liés à la santé, à l’alimentation et au bien-être des animaux, et des risques liés à la santé des végétaux. Elle fait appel aux collectifs d’experts constitués auprès de l’Agence en coordonnant leurs travaux. Elle peut également faire appel aux compétences scientifiques de ses personnels, et travaille en liaison avec les autres entités de l’Agence. Dans son domaine de compétence, elle assure des missions d’alerte et de vigilance, organise les études et enquêtes nécessaires à la collecte des données utiles à ses travaux d’expertise, gère les observatoires et bases de données qui y sont associés et mène à bien les développements méthodologiques nécessaires à l’accomplissement de ses missions. L’unité « Evaluation des risques liés aux aliments » a pour mission principale la coordination des travaux des collectifs d’experts et la production des évaluations des risques alimentaires d’origine biologique et chimique, sous la responsabilité d’un chef d’unité et de deux adjoints, pour chacune de ces spécialités.

    Coordonnées

    Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail

    14 rue Pierre et Marie Curie

    94700 Maisons-Alfort

    https://www.anses.fr/fr

    Description du poste

    Au cours des dernières années, un nombre important de ressources est apparu dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, notamment des outils informatiques, des bases de données, des modèles, des algorithmes… Cependant l’échange d’informations entre toutes ces ressources est actuellement difficile et demande beaucoup de temps.

    Initié en 2017 par 3 instituts européens de sécurité sanitaire, l’Anses, le BfR (L'institut fédéral allemand d’évaluation des risques) et le DTU Food (L’institut danois de l’alimentation), le projet « Risk Assessment modelling and Knowledge Integration Platform » (RAKIP) a pour objectif principal de créer des ressources gratuites et accessibles à tous permettant l’échange d’informations entre les différentes ressources proposées dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments. L’élément clé est la création d’une ressource Web (portail RAKIP) facilitant le partage, de manière simple et efficace, de la connaissance et plus particulièrement des modèles et des données nécessaires aux différentes étapes d’une évaluation des risques.

    Dans ce contexte, des modèles de microbiologie prévisionnelle, développés sous R, ont été annotés et mis à disposition sur le portail web RAKIP comme preuve de concept. Aujourd’hui il est nécessaire de poursuivre ce travail et d’implémenter des modèles complets d’évaluation des risques en microbiologie en s’appuyant sur les métadonnées nécessaires à l’annotation correcte et complète de ces modèles. Lors de la première phase du projet, un vocabulaire contrôlé associé à chacune de ces métadonnées a été défini en s’appuyant en partie sur des formats d’échange de données existant comme par exemple le format SSD2 développé par l’Efsa (Autorité européenne de sécurité sanitaire des aliments).

    Le projet ne concerne pas seulement l’évaluation du risque microbiologique mais a vocation à s’étendre à l’évaluation du risque globale. C’est pourquoi la deuxième partie de ce stage consistera à faire évoluer la liste des métadonnées ainsi que le vocabulaire contrôlé associé, en introduisant toutes les notions et annotations relatives à l’évaluation du risque chimique. Ce travail sera finalisé par l’implémentation de modèles et de données nécessaires à une évaluation du risque chimique dans les aliments.

    Au cours de cette période, le stagiaire sera amené à échanger régulièrement avec les partenaires du DTU et du BfR.

    Profil recherché : débutants acceptés

    Ingénieur (dernière année), master M2 professionnel avec une spécialisation en statistiques appliquées/ biostatistiques

    Compétences recherchées :

    • Connaissance en évaluation du risque ;
    • Connaissance en modélisation ;
    • Connaissance de R indispensable ; connaissance de SAS souhaitable ;
    • Aptitude organisationnelle, rigueur et précision ;
    • Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe ;
    • Capacité d’analyse et de synthèse.

    Stage

    Durée : 6 mois

    A partir de février/mars 2018

    Indemnisation de stage : environ 500 € / mois

    Contact(s)

    Laurent Guillier (laurent.guillier@anses.fr)

    Virginie Desvignes (virginie.desvignes@anses.fr)

    Fichiers joints

    Modalités de candidature

    Date limite : 24/01/2018

    Envoyer un CV ainsi qu'une lettre de motivation à laurent.guillier@anses.fr et virginie.desvignes@anses.fr