L'électrophorèse bidimensionnelle pour l'analyse des peptides procède en quatre étapes.

Elle est longue est coûteuse, et nécessite des moyens informatiques puissants, mais elle présente l'avantage d'une extraordinaire résolution : révélation d'environ 100 taches sur un sérum au lieu de 5 par électrophorèse classique sur acétate de cellulose.

Cette technique est appliquée au Centre de Médecine Préventive de Vandoeuvre-les-Nancy pour effectuer d'une part des études globales des peptides plasmatiques et repérer les variations qualitatives familiales (analyse du plasma des enfants et des parents).

D'autre part, des études de protéines particulières sont conduites (apoprotéine, enzymes...).